Μια από τις σημαντικότερες δραστηριότητες του ΙδΕΚ είναι ο σχεδιασμός, η προκήρυξη και η διαχείριση Προγραμμάτων χρηματοδότησης δραστηριοτήτων έρευνας και καινοτομίας. Τα Προγράμματα του Ιδρύματος χρηματοδοτούνται από την Κυπριακή Κυβέρνηση (μέσω της ετήσιας κρατικής χορηγίας προς το ΙδΕΚ), ενώ από το 2008 σημαντικός αριθμός έργων συγχρηματοδοτείται και από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης και το Ταμείο Συνοχής της Ευρωπαϊκής Ένωσης.