Το Τμήμα είναι υπεύθυνο για την διαχείριση όλων των οικονομικών και συναφών θεμάτων, συμπεριλαμβανομένων της ετοιμασίας και παρακολούθησης του προϋπολογισμού, τις εργασίες του λογιστηρίου, της αγοράς υπηρεσιών και προμηθειών εφαρμόζοντας την περί της Ρύθμισης των Διαδικασιών Σύναψης Δημοσίων Συμβάσεων Νομοθεσία, της ετοιμασίας των ετήσιων οικονομικών καταστάσεων του Ιδρύματος και της διεκπεραίωσης του οικονομικού ελέγχου χρηματοδοτούμενων έργων. Επιπρόσθετα, συλλέγει και αναλύει δεδομένα από εσωτερικές και εξωτερικές πηγές παρέχοντας απαραίτητη πληροφόρηση τόσο εσωτερικά όσο και σε αρμόδιες αρχές. Έχει επίσης υπό την ευθύνη του την συμμόρφωση με το κανονιστικό πλαίσιο των Χρηματοδοτικών Ταμείων μέσω των οποίων χρηματοδοτούνται οι δράσεις του ΙδΕΚ.

Επιπλέον, το Τμήμα προωθεί, μέσω των Εθνικών Σημείων Επαφής, τη συμμετοχή κυπριακών φορέων και ατόμων στα Ευρωπαϊκά Προγράμματα χρηματοδότησης για Έρευνα και Καινοτομία, παρέχοντας σχετικές πληροφορίες και υποστηρικτικές υπηρεσίες για την προετοιμασία υποβολής προτάσεων, συμβουλές για τη διαχείριση έργων και διοργανώνοντας ενημερωτικές εκδηλώσεις. Επίσης, υποστηρίζει τη δημιουργία δικτύων συνεργασίας και τη συμμετοχή σε συναντήσεις δικτύωσης.

Το Τμήμα είναι επίσης υπεύθυνο για τη διαχείριση όλων των θεμάτων πληροφορικής του Ιδρύματος, συμπεριλαμβανομένης της δημιουργίας και συντήρησης υποδομών Πληροφορικής καθώς και της λειτουργίας πληροφοριακού συστήματος για τις Προτάσεις που αξιολογεί και τα Έργα που χρηματοδοτεί το ΙδΕΚ.